重度肾积水以后肾脏萎缩切除还是不切除，需要根据实际情况进行判断。如果肾萎缩以后肾脏的功能完全丧失，也就是经过肾脏ECT检查，肾小球滤过率很低，几乎接近0，为了避免以后发生积水引起感染或其他不良反应，最好进行外科切除。如果肾脏ECT显示重度肾积水以后的肾脏，还有一部分肾小球滤过率能够排出机体的部分毒素，可以不切除，需要动态观察。如果即使存在一部分功能，但是经常发生其他不良反应，例如感染、疼痛、出血，诱发其他系统不良疾病，这个时候也建议把肾脏切除。